Эволюция живых существ может быть понята только в контексте геологического времени.
Биогеография изучает биосферу и географическое распределение организмов и их сообществ (биоценозов) в зависимости от условий обитания и геологических особенностей местности, а также характер фауны и флоры отдельных территорий. Биогеография тесно взаимодействует с биологией и экологией. Составными частями в нее входят зоогеография и фитогеография, предметом изучения которых являются соответственно животные и растения.
Батиметрия занимается изучением рельефа подводных частей морей и океанов. Палеобатиметрия изучает подводные глубины, существовавшие в прошлые геологические эпохи. Условия жизни организмов в морской среде позволяют разделить подводные части океанов в вертикальном направлении на области, различающиеся глубиной и, соответственно, давлением и освещенностью.
Историческая геология, используя принципы и методы геологии, изучает историю и законы развития Земли со времен образования земной коры в гадейскую эру до нашего времени. Задачи исторической геологии — восстановление хода эволюции земной поверхности и населяющего ее органического мира, а также выяснение истории изменений структуры земной коры.
Бактерии постепенно осваивают кислородный фотосинтез, хотя существенные результаты это даст только в следующую, протерозойскую эру. В конце неоархея находки следов жизни становятся все более распространенными. Среди них стоит отметить группу Малмани, плато Гаап, формации Науга, Когелбеен, Гамохаан и другие.
В неоархее бактериальная жизнь продолжает господствовать в древних земных океанах. Наиболее известные местонахождения следов жизни — это формация Джирина, окрестности огромного стратовулкана Бэк Ривер в Канаде, формация Чешир, субгруппа Шмидтсдриф и другие.
Несмотря на то, что в неоархее жизнь еще не выходила за пределы бактериальных форм, количество находок микрофоссилий и строматолитов постоянно увеличивается. Это такие известные местонахождения, как формация Тумбиана, Маддина, Манджери и находки кратона Дхарвар в Южной Индии.
Гипотезу покровительственной окраски подкрепляют и результаты экспериментов с вторичным отловом выпущенных бабочек. В той или иной местности выпускали известное число меченых особей обоих типов и для каждого типа подсчитывали процент особей, впоследствии снова пойманных на свет. Процент повторно выловленных особей среди бабочек, выделявшихся на окружающем фоне, был значительно ниже, чем среди бабочек с защитной окраской.
Первые окаменелости земноводного ихтиозавра были обнаружены на территории современного Китая международной командой палеонтологов.
Эволюционный ряд предков и потомков следует рассматривать не как непрерывную последовательность особей, а как серию циклических фаз. Каждый полный цикл представляет собой ряд стадий развития, причем за конец одного цикла и начало следующего по традиции принимают начало диплофазы. Изменения в генетической информации ведут к отклонениям в процессе развития, и накопление этих генетически обусловленных отклонений составляет эволюцию.
Если же, напротив, такой избирательной активации и инактивации не существует, тогда все изменения в генетической информации должны в большей или меньшей степени сказываться на всех этапах жизни организма, на всех стадиях его жизненного цикла. Во многих случаях этот эффект мог бы быть настолько незначительным, что он терялся бы на фоне «шума», сопровождающего нормальное развитие.
Сходство ранних стадий эмбриогенеза позвоночных легко объясняется и без привлечения таинственных сил, заставляющих каждый индивидуум снова «взбираться на свое филогенетическое древо». Прежде всего следует подчеркнуть, что зародыш млекопитающего па ранних стадиях похож на зародыш рыбы, а не на взрослую рыбу. Фактически все организмы начинают свое развитие с одной-единственной клетки.
Такое представление о процессе развития подкрепляется огромным множеством данных экспериментальной эмбриологии. Взаимодействия клеток можно наблюдать в культурах микроорганизмов, в которых плотность популяции способна влиять на скорость роста. Литература об индукции и об организаторах свидетельствует о мощном влиянии клеточного окружения и о сложности механизмов, выработанных эволюцией.