Эволюция живых существ может быть понята только в контексте геологического времени.
Докембрий–ныне. Одно из царств эукариот, включающее неподвижные гетеротрофные организмы, среди которых есть и паразиты, и сапрофиты, и симбионты. Это одна из самых древних групп организмов, первые следы которых имеют возраст почти полтора миллиарда лет.
К пенсильванскому периоду, почти 300 млн. лет назад лет, все главные группы современных грибов уже существовали. Анализ с применением молекулярной филогенетики подтверждает монофилетическое происхождение грибов.