Эволюция живых существ может быть понята только в контексте геологического времени.
2,8–2,5 млрд. лет назад. Весь неоархей и мезопротерозой длилась «золотая эра» строматолитов. Различные морфотипы от слоистых до микропальчиковых, обитавшие на отмелях и мелководьях ниже приливно-отливной зоны, в форме куполов, ветвящихся колонн и глубоководных конусов, экстенсивно участвовали в создании карбонатных платформ и первых обширных рифов. Но микрофоссилии все еще остаются редкими.
Древнейшие следы жизни в мезоархее становятся все более очевидными. Их все чаще находят уже не только в таких известных местах Австралии и Южной Африки, как группа Инсузи, Мозаан, но также в Центральной Карелии и Канаде.
3,2–2,8 млрд. лет назад. Биологическая активность в мезоархее значительно расширилась, в основном, в бескислородных условиях. В это время уже существовали многочисленные оазисы жизни, расположенные в зонах гидротермальной активности, связанной с подводным вулканизмом в обстановках, подобных современным океаническим плато и вулканизмом в задуговых бассейнах. В этих условиях обитали хемолитотрофные микроорганизмы, метаболизм которых не требовал солнечного света и кислорода.
В палеоархее продолжали развиваться бактериальные сообщества на мелководьях и у гидротермальных источников, оставившие после себя многочисленные ископаемые строматолиты в сланцах Стрелли Пул, группе Фиг Три (Фиговое дерево), формации Пещеры Кенгуру из группы Салфер Спрингс.
Древнейшие следы жизни в палеоархее приурочены к зеленокаменным поясам Пилбара в Австралии и Барбертон в Южной Африке. Эти знаменитые местонахождения — сланцы Апекс с самыми древними известными микрофоссилиями, найденными профессором Уильямом Шопфом, группа Онвервахт (формации Хооггеноег и Кромберг, сланцы Бак Риф) и другие.
Условия на Земле в палеоархее были еще очень экстремальными: температура океана 50–80°C, сильнейшая вулканическая и гидротермальная активность, полное отсутствие кислорода в атмосфере, высокая степень ультрафиолетового излучения, частое падение метеоритов. И все же, даже в самых древних осадочных породах уже имеются следы жизни, которые постепенно становятся все более явными (отложения бактериальных матов, прокариотные микроокаменелости).
Гипотезу покровительственной окраски подкрепляют и результаты экспериментов с вторичным отловом выпущенных бабочек. В той или иной местности выпускали известное число меченых особей обоих типов и для каждого типа подсчитывали процент особей, впоследствии снова пойманных на свет. Процент повторно выловленных особей среди бабочек, выделявшихся на окружающем фоне, был значительно ниже, чем среди бабочек с защитной окраской.
Первые окаменелости земноводного ихтиозавра были обнаружены на территории современного Китая международной командой палеонтологов.
Эволюционный ряд предков и потомков следует рассматривать не как непрерывную последовательность особей, а как серию циклических фаз. Каждый полный цикл представляет собой ряд стадий развития, причем за конец одного цикла и начало следующего по традиции принимают начало диплофазы. Изменения в генетической информации ведут к отклонениям в процессе развития, и накопление этих генетически обусловленных отклонений составляет эволюцию.
Если же, напротив, такой избирательной активации и инактивации не существует, тогда все изменения в генетической информации должны в большей или меньшей степени сказываться на всех этапах жизни организма, на всех стадиях его жизненного цикла. Во многих случаях этот эффект мог бы быть настолько незначительным, что он терялся бы на фоне «шума», сопровождающего нормальное развитие.
Сходство ранних стадий эмбриогенеза позвоночных легко объясняется и без привлечения таинственных сил, заставляющих каждый индивидуум снова «взбираться на свое филогенетическое древо». Прежде всего следует подчеркнуть, что зародыш млекопитающего па ранних стадиях похож на зародыш рыбы, а не на взрослую рыбу. Фактически все организмы начинают свое развитие с одной-единственной клетки.
Такое представление о процессе развития подкрепляется огромным множеством данных экспериментальной эмбриологии. Взаимодействия клеток можно наблюдать в культурах микроорганизмов, в которых плотность популяции способна влиять на скорость роста. Литература об индукции и об организаторах свидетельствует о мощном влиянии клеточного окружения и о сложности механизмов, выработанных эволюцией.