Каким же образом возникает рецессивность? На этот счет существует несколько гипотез, из которых в настоящее время трудно сделать выбор, хотя все они, вероятно, содержат элемен­ты истины. Фишер высказал предположение, что мутации не обязательно должны быть полностью рецессивными при своем первом появлении. Поэтому они, как правило, будут неблаго­приятны для организма, если только другие гены-модификаторы, расположенные в иных локусах, не уменьшат вредных послед­ствий их проявления.

В то же время во многих случаях проявление одного гена маскируется действием другого, находящегося в другом локусе. Это явление носит название Эпистаза; эпистатический ген маски­рует или предотвращает выражение Гипостатического гена. На­пример, ген белой окраски у леггорнов является элистатическим по отношению к многим генам, определяющим любую другую окраску и ее распределение. При наличии соответствующего фактора никакая окраска, кроме белой, проявиться не может.