Эволюция живых существ может быть понята только в контексте геологического времени.
Кроосинговер подвержен влиянию факторов среды, например температуры, и находится также под генетическим контролем. Механизм генетического контроля довольно сложен и еще не вполне ясен. По-видимому, гены определяют возможную длительность синапсиса и локализацию перекрестов; существуют гены, действие которых состоит в полном исключении синапсиса. Следовало бы ожидать, что и другие генетические аномалии, возникающие в процессе мейоза, повлияют на кроссинговер. С эволюционной точки зрения эти факторы, непосредственно влияющие на кроссинговер, сами по себе, видимо, не имели большого значения в контроле рекомбинаций. В тех случаях, когда частота рекомбинаций у определенных организмов понижена, — как полагают, в результате естественного отбора — это обычно достигается иными путями, например за счет инверсий, транслокаций или полного исключения мейоза.
Действие генов у отдельных особей оказалось чрезвычайно изменчивым. Гены в популяции редко встречаются всего лишь в двух альтернативных состояниях, или аллелях. По-видимому, большинство признаков, например группы крови у животных, системы несовместимости у растений, окраска меха у млекопитающих, окраска цветков у растений и многие другие, чаще всего контролируются системами множественных аллелей. Взаимодействие между генами в генетическом материале или взаимодействия на уровне механизмов развития, реализующих фенотип, приводят к сложным формам расщепления. Например в случае систем пигментов, обусловливающих определенную окраску, разные этапы в синтезе пигмента могут контролироваться различными генами. При отсутствии любого из этих генов окраска не проявляется. Такие гены называют Комплементарными.