Эволюция живых существ может быть понята только в контексте геологического времени.
К концу мела, 65 млн. лет назад, абсолютно все группы динозавров вымерли. Вместе с ними исчезли мозазавры, плезиозавры, птерозавры и целый ряд других наземных и морских животных, в том числе аммониты и белемниты. Вымерло 16% семейств морских животных и 18% семейств наземных позвоночных.
Гипотезу покровительственной окраски подкрепляют и результаты экспериментов с вторичным отловом выпущенных бабочек. В той или иной местности выпускали известное число меченых особей обоих типов и для каждого типа подсчитывали процент особей, впоследствии снова пойманных на свет. Процент повторно выловленных особей среди бабочек, выделявшихся на окружающем фоне, был значительно ниже, чем среди бабочек с защитной окраской.
Первые окаменелости земноводного ихтиозавра были обнаружены на территории современного Китая международной командой палеонтологов.
Эволюционный ряд предков и потомков следует рассматривать не как непрерывную последовательность особей, а как серию циклических фаз. Каждый полный цикл представляет собой ряд стадий развития, причем за конец одного цикла и начало следующего по традиции принимают начало диплофазы. Изменения в генетической информации ведут к отклонениям в процессе развития, и накопление этих генетически обусловленных отклонений составляет эволюцию.
Если же, напротив, такой избирательной активации и инактивации не существует, тогда все изменения в генетической информации должны в большей или меньшей степени сказываться на всех этапах жизни организма, на всех стадиях его жизненного цикла. Во многих случаях этот эффект мог бы быть настолько незначительным, что он терялся бы на фоне «шума», сопровождающего нормальное развитие.
Сходство ранних стадий эмбриогенеза позвоночных легко объясняется и без привлечения таинственных сил, заставляющих каждый индивидуум снова «взбираться на свое филогенетическое древо». Прежде всего следует подчеркнуть, что зародыш млекопитающего па ранних стадиях похож на зародыш рыбы, а не на взрослую рыбу. Фактически все организмы начинают свое развитие с одной-единственной клетки.
Такое представление о процессе развития подкрепляется огромным множеством данных экспериментальной эмбриологии. Взаимодействия клеток можно наблюдать в культурах микроорганизмов, в которых плотность популяции способна влиять на скорость роста. Литература об индукции и об организаторах свидетельствует о мощном влиянии клеточного окружения и о сложности механизмов, выработанных эволюцией.